| MirGeneDB ID | Xtr-Mir-193-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-193 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAUGCCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xtr-mir-365-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xtr-Mir-193-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-193-P2a Bge-Mir-193-P2 Bta-Mir-193-P2a Cbr-Mir-193-P2-v1 Cbr-Mir-193-P2-v2 Cel-Mir-193-P2-v1 Cel-Mir-193-P2-v2 Cfa-Mir-193-P2a Cgi-Mir-193-P2 Cli-Mir-193-P2a Cmi-Mir-193-P2a Cpi-Mir-193-P2a Cpo-Mir-193-P2a Cte-Mir-193-P2 Dno-Mir-193-P2a Dre-Mir-193-P2a Ebu-Mir-193-P2 Ete-Mir-193-P2a Gga-Mir-193-P2a Hme-Mir-193-P2 Hsa-Mir-193-P2a Lch-Mir-193-P2a Lgi-Mir-193-P2 Loc-Mir-193-P2a Mdo-Mir-193-P2a Mml-Mir-193-P2a Mmu-Mir-193-P2a Mun-Mir-193-P2a Oan-Mir-193-P2a Ocu-Mir-193-P2a Pbv-Mir-193-P2a Pfl-Mir-193-P2 Pma-Mir-193-P2 Pmi-Mir-193-P2 Rno-Mir-193-P2a Sha-Mir-193-P2a Sko-Mir-193-P2 Spt-Mir-193-P2a Spu-Mir-193-P2 Sto-Mir-193-P2a Tca-Mir-193-P2 Tgu-Mir-193-P2a Xbo-Mir-193-P2 Xla-Mir-193-P2a3 Xla-Mir-193-P2a4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (xenTro9_add) |
chr9: 32274432-32274492 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-193-P2a) |
Mir-193-P2a
chr9: 32274432-32274492 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-193-P1a chr9: 32323003-32323061 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCUACACAGCUGUAUACCGCAGGGAAAAUGAGGGACUUUUGGGGGCAGAUGUGUUUCACUUACACUACCAUAAUGCCCCUAAAAAUCCUUAUUGUUCUUGCAGUGUUCUUCAGAGUCUCACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCUACACAGCUGUAUACC--| A AC GA UUUCACU GCAGGGA AAUGAGGG UUUUGGGGGCA UGUG \ CGUUCUU UUAUUCCU AAAAUCCCCGU AUAC U CACUCUGAGACUUCUUGUGA^ G A- A- CAUCACA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xtr-Mir-193-P2a_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGGACUUUUGGGGGCAGAUGUG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Xtr-Mir-193-P2a_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0003637 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UAAUGCCCCUAAAAAUCCUUA -61
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-365 |
