| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-193-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-193 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAUGCCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-365-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mmu-Mir-193-P1a Mmu-Mir-193-P1b Mmu-Mir-193-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-193-P2a Bge-Mir-193-P2 Bta-Mir-193-P2a Cbr-Mir-193-P2-v1 Cbr-Mir-193-P2-v2 Cel-Mir-193-P2-v1 Cel-Mir-193-P2-v2 Cfa-Mir-193-P2a Cgi-Mir-193-P2 Cli-Mir-193-P2a Cmi-Mir-193-P2a Cpi-Mir-193-P2a Cpo-Mir-193-P2a Cte-Mir-193-P2 Dno-Mir-193-P2a Dre-Mir-193-P2a Ebu-Mir-193-P2 Ete-Mir-193-P2a Gga-Mir-193-P2a Hme-Mir-193-P2 Hsa-Mir-193-P2a Lch-Mir-193-P2a Lgi-Mir-193-P2 Loc-Mir-193-P2a Mdo-Mir-193-P2a Mml-Mir-193-P2a Mun-Mir-193-P2a Oan-Mir-193-P2a Ocu-Mir-193-P2a Pbv-Mir-193-P2a Pfl-Mir-193-P2 Pma-Mir-193-P2 Pmi-Mir-193-P2 Rno-Mir-193-P2a Sha-Mir-193-P2a Sko-Mir-193-P2 Spt-Mir-193-P2a Spu-Mir-193-P2 Sto-Mir-193-P2a Tca-Mir-193-P2 Tgu-Mir-193-P2a Xbo-Mir-193-P2 Xla-Mir-193-P2a3 Xla-Mir-193-P2a4 Xtr-Mir-193-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr16: 13453855-13453915 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-193-P2a) |
Mir-193-P1a
chr16: 13449533-13449591 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-193-P2a chr16: 13453855-13453915 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCCAGCUGAUUGGUUACCGCAGGGAAAAUGAGGGACUUUUGGGGGCAGAUGUGUUUCCAUUCCGCUAUCAUAAUGCCCCUAAAAAUCCUUAUUGCUCUUGCAGUAUUCCUCGGGGGUCCCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCCAGCUGAUUGGUUACC--| AA AC GA UUUCCAU GCAGGG AAUGAGGG UUUUGGGGGCA UGUG \ CGUUCU UUAUUCCU AAAAUCCCCGU AUAC U CCCCUGGGGGCUCCUUAUGA^ CG A- A- UAUCGCC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Mmu-Mir-193-P2a_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0017077 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGGACUUUUGGGGGCAGAUGUG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-365-1-5p miRDB: MIMAT0017077 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mmu-Mir-193-P2a_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0000711 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UAAUGCCCCUAAAAAUCCUUA -61
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000711 TargetScanVert: mmu-miR-365-3p miRDB: MIMAT0000711 |
