| MirGeneDB ID | Ocu-Mir-193-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-193 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAUGCCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ocu-mir-365-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ocu-Mir-193-P1a Ocu-Mir-193-P1b Ocu-Mir-193-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-193-P2a Bge-Mir-193-P2 Bta-Mir-193-P2a Cbr-Mir-193-P2-v1 Cbr-Mir-193-P2-v2 Cel-Mir-193-P2-v1 Cel-Mir-193-P2-v2 Cfa-Mir-193-P2a Cgi-Mir-193-P2 Cli-Mir-193-P2a Cmi-Mir-193-P2a Cpi-Mir-193-P2a Cpo-Mir-193-P2a Cte-Mir-193-P2 Dno-Mir-193-P2a Dre-Mir-193-P2a Ebu-Mir-193-P2 Ete-Mir-193-P2a Gga-Mir-193-P2a Hme-Mir-193-P2 Hsa-Mir-193-P2a Lch-Mir-193-P2a Lgi-Mir-193-P2 Loc-Mir-193-P2a Mdo-Mir-193-P2a Mml-Mir-193-P2a Mmu-Mir-193-P2a Mun-Mir-193-P2a Oan-Mir-193-P2a Pbv-Mir-193-P2a Pfl-Mir-193-P2 Pma-Mir-193-P2 Pmi-Mir-193-P2 Rno-Mir-193-P2a Sha-Mir-193-P2a Sko-Mir-193-P2 Spt-Mir-193-P2a Spu-Mir-193-P2 Sto-Mir-193-P2a Tca-Mir-193-P2 Tgu-Mir-193-P2a Xbo-Mir-193-P2 Xla-Mir-193-P2a3 Xla-Mir-193-P2a4 Xtr-Mir-193-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (oryCun2_add) |
chr6: 7416450-7416510 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-193-P2a) |
Mir-193-P1a
chr6: 7412259-7412317 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-193-P2a chr6: 7416450-7416510 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCCAACAGGUUCGUUACCGCAGGGAAAAUGAGGGACUUUUGGGGGCAGAUGUGUUUGCAUUCCAGUAUCAUAAUGCCCCUAAAAAUCCUUAUUGCUCUUGCAGUAUUCCUCGGGGUCCCGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCCAACAGGUUCGUUACC--| AA AC GA UUUGCAU GCAGGG AAUGAGGG UUUUGGGGGCA UGUG \ CGUUCU UUAUUCCU AAAAUCCCCGU AUAC U CGCCCUGGGGCUCCUUAUGA^ CG A- A- UAUGACC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ocu-Mir-193-P2a_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0048399 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGGACUUUUGGGGGCAGAUGUG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Ocu-Mir-193-P2a_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0048400 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UAAUGCCCCUAAAAAUCCUUA -61
Get sequence
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