| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-193-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-193 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAUGCCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-365-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cfa-Mir-193-P1a Cfa-Mir-193-P1b Cfa-Mir-193-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-193-P2a Bge-Mir-193-P2 Bta-Mir-193-P2a Cbr-Mir-193-P2-v1 Cbr-Mir-193-P2-v2 Cel-Mir-193-P2-v1 Cel-Mir-193-P2-v2 Cgi-Mir-193-P2 Cli-Mir-193-P2a Cmi-Mir-193-P2a Cpi-Mir-193-P2a Cpo-Mir-193-P2a Cte-Mir-193-P2 Dno-Mir-193-P2a Dre-Mir-193-P2a Ebu-Mir-193-P2 Ete-Mir-193-P2a Gga-Mir-193-P2a Hme-Mir-193-P2 Hsa-Mir-193-P2a Lch-Mir-193-P2a Lgi-Mir-193-P2 Loc-Mir-193-P2a Mdo-Mir-193-P2a Mml-Mir-193-P2a Mmu-Mir-193-P2a Mun-Mir-193-P2a Oan-Mir-193-P2a Ocu-Mir-193-P2a Pbv-Mir-193-P2a Pfl-Mir-193-P2 Pma-Mir-193-P2 Pmi-Mir-193-P2 Rno-Mir-193-P2a Sha-Mir-193-P2a Sko-Mir-193-P2 Spt-Mir-193-P2a Spu-Mir-193-P2 Sto-Mir-193-P2a Tca-Mir-193-P2 Tgu-Mir-193-P2a Xbo-Mir-193-P2 Xla-Mir-193-P2a3 Xla-Mir-193-P2a4 Xtr-Mir-193-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chr6: 28873146-28873206 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-193-P2a) |
Mir-193-P2a
chr6: 28873146-28873206 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-193-P1a chr6: 28878050-28878108 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCCAGCUGGUUCGUUACCGCAGGGAAAAUGAGGGACUUUUGGGGGCAGAUGUGUUUCCAUUCCACUAUCAUAAUGCCCCUAAAAAUCCUUAUUGCUCUUGCAGUAUUCCUCGGGGUCCCUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCCAGCUGGUUCGUUACC--| AA AC GA UUUCCAU GCAGGG AAUGAGGG UUUUGGGGGCA UGUG \ CGUUCU UUAUUCCU AAAAUCCCCGU AUAC U GUCCCUGGGGCUCCUUAUGA^ CG A- A- UAUCACC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cfa-Mir-193-P2a_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGGACUUUUGGGGGCAGAUGUG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Cfa-Mir-193-P2a_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0001540 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UAAUGCCCCUAAAAAUCCUUA -61
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-365 miRDB: MIMAT0001540 |
