| MirGeneDB ID | Cte-Mir-1994 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1994 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAGACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cte-mir-1994 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cgi-Mir-1994-P1 Cgi-Mir-1994-P2 Efe-Mir-1994 Esc-Mir-1994-P1 Esc-Mir-1994-P2 Lan-Mir-1994-P3a Lan-Mir-1994-P3b Lan-Mir-1994-P4a Lan-Mir-1994-P4b Lgi-Mir-1994-P1 Lgi-Mir-1994-P2 Npo-Mir-1994-P1 Npo-Mir-1994-P2 Obi-Mir-1994-P1 Obi-Mir-1994-P2 Ovu-Mir-1994-P1 Ovu-Mir-1994-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_194: 66138-66207 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUCCUGGGAUUUCACUGAGCGGUUGUGCAUCGGGUGGAAGCGCUGUCUGCACCGGAUAUCCGGAUUGUAUCCGUCCGUUGAGACAGUGUGUCCUCCCUCUGGACGCCGUUCACUCUCAGCAUAGUCAUCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUCCUGGGAUUUCACUG---| U G UC U A G C GGAUAUCCGGA AGCGGU GU CA GGG GGA GCGCUGUCU CA C \ UUGCCG CA GU CCC CCU UGUGACAGA GU G U UCUACUGAUACGACUCUCAC^ - G CU U G - U CCUGCCUAUGU . 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cte-Mir-1994_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGGGUGGAAGCGCUGUCUGCACC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Cte-Mir-1994_3p (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0009702 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
48- UGAGACAGUGUGUCCUCCCUCU -70
Get sequence
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