| MirGeneDB ID | Tgu-Mir-194-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-194 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GUAACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebra finch (Taeniopygia guttata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tgu-mir-194-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-194-P1 Ami-Mir-194-P1 Bta-Mir-194-P1 Cfa-Mir-194-P1 Cli-Mir-194-P1 Cmi-Mir-194-P1 Cpi-Mir-194-P1 Ebu-Mir-194-o1 Ete-Mir-194-P1 Gga-Mir-194-P1 Gja-Mir-194-P1 Hsa-Mir-194-P1 Lch-Mir-194-P1 Mml-Mir-194-P1 Mmu-Mir-194-P1 Mun-Mir-194-P1 Oan-Mir-194-P1 Ocu-Mir-194-P1 Pbv-Mir-194-P1 Pma-Mir-194-o1 Rno-Mir-194-P1 Spt-Mir-194-P1 Sto-Mir-194-P1 Xla-Mir-194-P1a Xla-Mir-194-P1b Xtr-Mir-194-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (TaeGut1_add) |
3: 104322345-104322400 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-194-P1) |
Mir-192-P1
3: 104322023-104322081 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-194-P1 3: 104322345-104322400 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AACUCAAGAUCGACCACUGGUGCUCUCAUAUGUAACAGCAACUCCAUGUGGACUACACUGACUUCCAGUGGAGAUGCUGUUACUUUUGAUGGUCACUCAAAAACUCCACAGCAGCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AACUCAAGAUCGACCACU- -| C UAU A G CUACA GGUG CU UCA GUAACAGCA CUCCAU UGGA \ UCAC GG AGU CAUUGUCGU GAGGUG ACCU C UCGACGACACCUCAAAAAC U^ U UUU A - UCAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Tgu-Mir-194-P1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0014558 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUAACAGCAACUCCAUGUGGAC -23
Get sequence
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| Star sequence | Tgu-Mir-194-P1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0027001 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- CCAGUGGAGAUGCUGUUACUUU -56
Get sequence
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