| MirGeneDB ID | Lgi-Mir-317 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-317 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAACACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Owl limpet (Lottia gigantea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | lgi-mir-317 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-317-P8 Aae-Mir-317-P9 Bge-Mir-317 Cgi-Mir-317-P1 Cgi-Mir-317-P2 Csc-Mir-317-P17 Csc-Mir-317-P18 Cte-Mir-317 Dan-Mir-317 Dma-Mir-317 Dme-Mir-317 Dmo-Mir-317 Dpu-Mir-317 Dsi-Mir-317 Dya-Mir-317 Efe-Mir-317-P5 Efe-Mir-317-P6 Efe-Mir-317-P7 Esc-Mir-317 Hme-Mir-317 Isc-Mir-317 Lan-Mir-317-P10 Lan-Mir-317-P11 Lpo-Mir-317-P12 Lpo-Mir-317-P13 Npo-Mir-317 Obi-Mir-317 Ovu-Mir-317 Tca-Mir-317 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Lotgi1) |
LOTGIsca_10: 851891-851951 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAGACUAAAGAGAAGAUAACUCUGUUGUGGAGGAUACCAUGUUGUGUUUACAGUUUUGAAACAUUUGUGAACACAGCUGGUGGUAUCUUCUAUAAGCAGAGUAUUUCAGCAUUGGGUACUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50
AAGACUAAAGAGAAGAUA- - --| GUUUUG
ACUCUG UUGUGGAGGAUACCAU GUUGUGUUUACA \
UGAGAC AAUAUCUUCUAUGGUG CGACACAAGUGU A
GUCAUGGGUUACGACUUUA G GU^ UUACAA
. 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Lgi-Mir-317_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGAUACCAUGUUGUGUUUACA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Lgi-Mir-317_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0009597 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UGAACACAGCUGGUGGUAUCUUCU -61
Get sequence
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