| MirGeneDB ID | Sme-Mir-71-P17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-71 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAAAGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Freshwater planarian (Schmidtea mediterranea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | sme-mir-71b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sme-Mir-71-P16a Sme-Mir-71-P16b Sme-Mir-71-P18 Sme-Mir-71-P19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-71 Asu-Mir-71 Bfl-Mir-71 Bge-Mir-71 Bla-Mir-71 Cbr-Mir-71 Cel-Mir-71 Cgi-Mir-71 Cte-Mir-71 Dma-Mir-71 Dpu-Mir-71 Esc-Mir-71 Hme-Mir-71 Isc-Mir-71 Lgi-Mir-71 Npo-Mir-71 Obi-Mir-71 Ovu-Mir-71 Pfl-Mir-71 Pmi-Mir-71 Sko-Mir-71 Spu-Mir-71 Tca-Mir-71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | S. mediterranea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Sme_GCA_002600895.1_ASM260089v1_alt) |
NNSW01000131_dd_Smes_g4_131: 1191188-1191254 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-71-P17) |
Mir-71-P17
NNSW01000131_dd_Smes_g4_131: 1191188-1191254 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-2-o52 NNSW01000131_dd_Smes_g4_131: 1191304-1191374 [+] UCSC Ensembl Mir-2-o53 NNSW01000131_dd_Smes_g4_131: 1191422-1191481 [+] UCSC Ensembl Mir-2-o54 NNSW01000131_dd_Smes_g4_131: 1191539-1191598 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUUUUGUUGUGUAGGUGAUUCAGUACUCUUUGAAAGACACAGGUAGUGGGACAGAUAUUAUCUAAUAAAAGCUUGUCCUUCUAAUGUGUUUUUCGAAAACCAUUGAAUCAAUCAUCAGUUCACUAGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUUUUGUUGUGUAGGUG--| ACUC GG U AGAUAUUAUC AUUCAGU UUUGAAAGACACA UAG GGGAC U UAAGUUA AAGCUUUUUGUGU AUC UCCUG A UGAUCACUUGACUACUAAC^ CCAA A- U UUCGAAAAUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There appears to be a U to C edit in position 1 of the 5p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Sme-Mir-71-P17_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0003985 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAAAGACACAGGUAGUGGGAC -22
Get sequence
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| Co-mature sequence | Sme-Mir-71-P17_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0003986 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
45- UCCUUCUAAUGUGUUUUUCGAA -67
Get sequence
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