| MirGeneDB ID | Sme-Mir-2-o54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Freshwater planarian (Schmidtea mediterranea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | sme-mir-13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sme-Mir-2-o51a Sme-Mir-2-o51b Sme-Mir-2-o52 Sme-Mir-2-o53 Sme-Mir-2-o55 Sme-Mir-2-o56 Sme-Mir-2-o57 Sme-Mir-2-o58 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | S. mediterranea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Sme_GCA_002600895.1_ASM260089v1_alt) |
NNSW01000131_dd_Smes_g4_131: 1191539-1191598 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-o54) |
Mir-71-P17
NNSW01000131_dd_Smes_g4_131: 1191188-1191254 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-2-o52 NNSW01000131_dd_Smes_g4_131: 1191304-1191374 [+] UCSC Ensembl Mir-2-o53 NNSW01000131_dd_Smes_g4_131: 1191422-1191481 [+] UCSC Ensembl Mir-2-o54 NNSW01000131_dd_Smes_g4_131: 1191539-1191598 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCAAUUGUGUUUGGAAAGCAACAUAAUGGGAGCCUUUGGCGGCUGUGAUAUGAUAAUUAUAUACAUAUCACAGUCAUGCUAAAGAGCUUGUAAAUUGUUACUAAUCGUCUCUCGUGCUUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50
UCAAUUGUGUUUGGAAAGC-- UAA G - --| AUAAU
AACA UG GAGC CUUUGGC GGCUGUGAUAUG \
UUGU AU UUCG GAAAUCG CUGACACUAUAC U
CUUCGUGCUCUCUGCUAAUCA UAA G A UA^ AUAUA
. 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-2 genes were present in the last common ancestor of protostomes and how the multiple paralogues in lophotrochozoans relate to the four Mir-2 genes in arthropods. Thus all lophotrochozoan genes are classified as orphans pending further data and analysis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Sme-Mir-2-o54_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0012101 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCCUUUGGCGGCUGUGAUAUG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Sme-Mir-2-o54_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0003976 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UAUCACAGUCAUGCUAAAGAGCUUG -60
Get sequence
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