| MirGeneDB ID | Ocu-Mir-188-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-188 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUCCCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ocu-mir-188 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ocu-Mir-188-P2 Ocu-Mir-188-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-188-P1 Cfa-Mir-188-P1 Cpo-Mir-188-P1 Dno-Mir-188-P1 Hsa-Mir-188-P1 Mml-Mir-188-P1 Mmu-Mir-188-P1 Rno-Mir-188-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (oryCun2_add) |
chrX: 34232654-34232713 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-188-P1) |
Mir-188-P2
chrX: 34232287-34232345 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-188-P1 chrX: 34232654-34232713 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P6 chrX: 34235397-34235456 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P2 chrX: 34237519-34237579 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P1 chrX: 34238027-34238085 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P3 chrX: 34238810-34238868 [+] UCSC Ensembl Mir-188-P3 chrX: 34242048-34242106 [+] UCSC Ensembl Mir-362-P4 chrX: 34243943-34244001 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGAGUGAACCUUUCCCUGCUCCCUCUCUCACAUCCCUUGCAUGGUGGAGGGUGAGCUUUAUGAAAACCCCUCCCACAUGCAGGGUUUGCAGGAUGGUGAGCCUCAGCUUUCCUCACGCUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AGAGUGAACCUUUCCCU-- -| UC CA UC GU UGAGCUU GCUC CC UCU CA CCUUGCAUG GGAGGG U CGAG GG AGG GU GGGACGUAC CCUCCC A CUCGCACUCCUUUCGACUC U^ U- AC UU AC CAAAAGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | The Dicer cut is consistently +3 across mammals. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ocu-Mir-188-P1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0048297 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUCCCUUGCAUGGUGGAGGGU -22
Get sequence
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| Star sequence | Ocu-Mir-188-P1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0048298 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CUCCCACAUGCAGGGUUUGCA -60
Get sequence
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