| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-188-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-188 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUCCCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-188 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpo-Mir-188-P2 Cpo-Mir-188-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-188-P1 Cfa-Mir-188-P1 Dno-Mir-188-P1 Hsa-Mir-188-P1 Mml-Mir-188-P1 Mmu-Mir-188-P1 Ocu-Mir-188-P1 Rno-Mir-188-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_132: 3003465-3003524 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-188-P1) |
Mir-188-P2
scaffold_132: 3003104-3003162 [+]
UCSC
Mir-188-P1 scaffold_132: 3003465-3003524 [+] UCSC Mir-362-P1 scaffold_132: 3009085-3009144 [+] UCSC Mir-362-P3 scaffold_132: 3009773-3009832 [+] UCSC Mir-362-P5 scaffold_132: 3010278-3010339 [+] UCSC Mir-188-P3 scaffold_132: 3012570-3012628 [+] UCSC Mir-362-P4 scaffold_132: 3014248-3014306 [+] UCSC |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGAGCGAGCUCUUCCCUGCUCCCUCUCUCACAUCCCUUGCAUGGUGGAGGGUGAGCUUUCUGGAAACCCCUCCCACAUGCAGGGUUUGCAGGAUGGUGAGCUUCAGCUUUCCUUGCUCUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AGAGCGAGCUCUUCCCU-- -| UC CA UC GU UGAGCUU GCUC CC UCU CA CCUUGCAUG GGAGGG U CGAG GG AGG GU GGGACGUAC CCUCCC C CUCUCGUUCCUUUCGACUU U^ U- AC UU AC CAAAGGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | The Dicer cut is consistently +3 across mammals. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cpo-Mir-188-P1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0047060 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUCCCUUGCAUGGUGGAGGGU -22
Get sequence
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| Co-mature sequence | Cpo-Mir-188-P1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0047061 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CUCCCACAUGCAGGGUUUGCA -60
Get sequence
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