| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-362-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-362 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAUCCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-500b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpo-Mir-362-P1 Cpo-Mir-362-P3 Cpo-Mir-362-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-362-P5 Cfa-Mir-362-P5 Dno-Mir-362-P5 Hsa-Mir-362-P5 Mml-Mir-362-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_132: 3010278-3010339 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-362-P5) |
Mir-188-P2
scaffold_132: 3003104-3003162 [+]
UCSC
Mir-188-P1 scaffold_132: 3003465-3003524 [+] UCSC Mir-362-P1 scaffold_132: 3009085-3009144 [+] UCSC Mir-362-P3 scaffold_132: 3009773-3009832 [+] UCSC Mir-362-P5 scaffold_132: 3010278-3010339 [+] UCSC Mir-188-P3 scaffold_132: 3012570-3012628 [+] UCSC Mir-362-P4 scaffold_132: 3014248-3014306 [+] UCSC |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUGUUAUUUUCUGUUCUGGCUCCCCCUCUCUAAUCCUUGCUACCUGGGUGAGAGUGCUUUGUGAAUGCAGUGCACCUGGGCAAGGGUUCUGUGAGAGAGAGCACCAUCUUCACACGAGACAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUGUUAUUUUCUGUUCUG-- CCC U---| UAC UG AGA- GCUUU GCUC CUCUC AAUCCUUGC C GGUG GU \ CGAG GAGAG UUGGGAACG G CCAC CG G GACAGAGCACACUUCUACCA A-- UGUC^ --- GU GUGA UAAGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cpo-Mir-362-P5_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0047301 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAUCCUUGCUACCUGGGUGAGAGU -25
Get sequence
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| Star sequence | Cpo-Mir-362-P5_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0047302 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- AGUGCACCUGGGCAAGGGUUCUGU -62
Get sequence
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