| MirGeneDB ID | Hme-Mir-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAGUAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Longwing butterfly (Heliconius melpomene) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | hme-mir-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-12 Bge-Mir-12 Bpl-Mir-12 Cgi-Mir-12 Csc-Mir-12 Cte-Mir-12 Dan-Mir-12 Dma-Mir-12 Dme-Mir-12 Dmo-Mir-12 Dpu-Mir-12 Dsi-Mir-12 Efe-Mir-12-P1 Efe-Mir-12-P2 Esc-Mir-12 Isc-Mir-12 Lan-Mir-12-P3 Lan-Mir-12-P4 Lgi-Mir-12 Lpo-Mir-12-P5 Lpo-Mir-12-P6 Lpo-Mir-12-P7 Lpo-Mir-12-P8 Npo-Mir-12 Ovu-Mir-12 Sme-Mir-12-P9 Sme-Mir-12-P10 Sme-Mir-12-P11 Tca-Mir-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Hmel_1) |
HE669534: 42572-42850 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12) |
Mir-216-P1
HE669534: 41197-41253 [+]
Ensembl
Mir-12 HE669534: 42572-42850 [+] Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAUCUCCAAAGAAGAACGUCUCAUUGUCUCUGAGUAUUACUUCAGGUACUGGUAGAAUGAUAUGAGAACUAAGAUCACUUUCACUUUUGAAUUUAUUCAAAUUCAACCAAUGCUGAAAUUUAAAUUUUUAAAUUUCCUAUAUACAAUAAUUCAAAAUCUAUACUUAAAGAGAUUUUGACUUUUUUCAAAUUUAUUAGCAGUAAAACUCUGAUUCUUUACUUUUGUCUUUUAGAAAAAGUUAAGAUUUUUUAAUAUCAUCAUUGUGUCAGUGUCUUCAGUUCUCUACCCAGUGACUGAAUAAUACUUUGAGAUCGUGAUGACAUUUGCAUCGUCGCUACAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 GAUCUCCAAAGAAGAAC- -| U U C G UAGAAUGAUAUGAGAACUAAGAUCACUUUCACUUUUGAAUUUAUUCAAAUUCAACCAAUGCUGAAAUUUAAAUUUUUAAAUUUCCUAUAUACAAUAAUUCAAAAUCUAUACUUAAA GUC UCAU GUCUC GAGUAUUA UUCAG UACUGG G CAG AGUG UAGAG UUCAUAAU AAGUC GUGACC A ACAUCGCUGCUACGUUUA U^ C U - A CAUCUCUUGACUUCUGUGACUGUGUUACUACUAUAAUUUUUUAGAAUUGAAAAAGAUUUUCUGUUUUCAUUUCUUAGUCUCAAAAUGACGAUUAUUUAAACUUUUUUCAGUUUUAG 330 320 310 300 290 280 270 260 250 240 230 220 210 200 190 180 170 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut -1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Hme-Mir-12_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAGUAUUACUUCAGGUACUGG -22
Get sequence
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| Star sequence | Hme-Mir-12_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0024936 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
257- CAGUGACUGAAUAAUACUUUGA -279
Get sequence
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