| MirGeneDB ID | Cbr-Bantam-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | BANTAM (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAGAUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis briggsae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cbr-mir-81 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cbr-Bantam-P1a Cbr-Bantam-P1b Cbr-Bantam-P2 Cbr-Bantam-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Bantam Asu-Bantam-o3 Bge-Bantam Bpl-Bantam Cel-Bantam-P3 Cgi-Bantam Cte-Bantam Dan-Bantam Dma-Bantam Dme-Bantam Dmo-Bantam Dpu-Bantam Dsi-Bantam Dya-Bantam Esc-Bantam Hme-Bantam Lan-Bantam Lgi-Bantam Npo-Bantam Ovu-Bantam Tca-Bantam | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (CB4) |
X: 4359703-4359767 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Bantam-P3) |
Bantam-P4
X: 4356782-4356845 [+]
Ensembl
Bantam-P3 X: 4359703-4359767 [-] Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUAUUAUUCUAUGCCAUCGUGAUUAACGGUCGGUUUUCACCUUGAUCUGAGAGCAAUAACCAGAAUGCUUAUCUGAGAUCAUCGUGAAAGCUAGUUGUUACUUCACUCGGCUUUUUGUCUCAAAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUAUUAUUCUAUGCCAUC- U-| UC CU G GCAAUAACC GUGA UAACGG GGUUUUCAC UGAUCU AGA \ CACU AUUGUU UCGAAAGUG ACUAGA UCU A AAAACUCUGUUUUUCGGCU UC^ GA CU G AUUCGUAAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cbr-Bantam-P3_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGGUUUUCACCUUGAUCUGAGA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cbr-Bantam-P3_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0000488 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- UGAGAUCAUCGUGAAAGCUAGU -65
Get sequence
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