| MirGeneDB ID | Sko-Mir-242 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-242 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GCGUAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Saccoglossus (Saccoglossus kowalevskii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | sko-mir-242 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bfl-Mir-242 Bla-Mir-242-v1 Bla-Mir-242-v2 Bpl-Mir-242 Cbr-Mir-242 Cel-Mir-242 Cgi-Mir-242 Cte-Mir-242 Lan-Mir-242 Lgi-Mir-242-P1 Lgi-Mir-242-P2 Npo-Mir-242 Pfl-Mir-242 Pmi-Mir-242 Spu-Mir-242 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Skow_1.1) |
NW_003141865.1: 15153-15212 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACGUCUCACUCGAACCUCACUCUAAUGUGUUGCGUAGGCGUUGUGCACAGUGACGUAUUACAUAAUUCCUGUGCAUUUCUCCCACGCAUAGCGUUGAAGUGAAAUGUCAUCAUCAUGGAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 ACGUCUCACUCGAACCU--| C GU A CGUU U ACGUAUU CACU UAAUGU UGCGU GG GUGCACAG G \ GUGA GUUGCG ACGCA CC UACGUGUC C A GAGGUACUACUACUGUAAA^ A AU C UCUU - UUAAUAC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Sko-Mir-242_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0009637 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCGUAGGCGUUGUGCACAGUG -22
Get sequence
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| Star sequence | Sko-Mir-242_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CUGUGCAUUUCUCCCACGCAUA -60
Get sequence
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