| MirGeneDB ID | Lgi-Mir-1990 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1990 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GUAAGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Owl limpet (Lottia gigantea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | lgi-mir-1990 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cgi-Mir-1990 Cte-Mir-1990-P1 Cte-Mir-1990-P2 Efe-Mir-1990-P1 Efe-Mir-1990-P2 Efe-Mir-1990-P3 Lan-Mir-1990 Npo-Mir-1990 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Lotgi1) |
LOTGIsca_39: 82025-82079 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1990) |
Mir-1986
LOTGIsca_39: 81755-81811 [-]
Ensembl
Mir-1990 LOTGIsca_39: 82025-82079 [-] Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGCAGAAAUUAAUGACGUCACUAUUCGUGCAGUAAGUUGAUGGGGUCCCAGGUUAUUUUGUCCCGGGACUACGUCAACUACUAGCACGCGCAGUGACAGAACAACAUCAAAAUGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CGCAGAAAUUAAUGACG-- AUU -| A GG A UUAU UCACU CGUGC AGUA GUUGAUG GUCCC GG \ AGUGA GCACG UCAU CAACUGC CAGGG CC U GGUAAAACUACAACAAGAC CGC A^ - AU C UGUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Lgi-Mir-1990_5p (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0009732 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUAAGUUGAUGGGGUCCCAGG -22
Get sequence
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| Star sequence | Lgi-Mir-1990_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
33- CGGGACUACGUCAACUACUAGC -55
Get sequence
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