| MirGeneDB ID | Cte-Mir-1990-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1990 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GUAAGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cte-mir-1990a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cte-Mir-1990-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cgi-Mir-1990 Efe-Mir-1990-P2 Lan-Mir-1990 Lgi-Mir-1990 Npo-Mir-1990 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Annelida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_12: 606811-606875 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1990-P2) |
Mir-1990-P1
CAPTEscaffold_12: 600050-600112 [+]
Ensembl
Mir-2692 CAPTEscaffold_12: 600189-600249 [+] Ensembl Mir-1990-P2 CAPTEscaffold_12: 606811-606875 [+] Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGAAUAAAGAAGGAAAAUCGUGAGCGCAGUUGUAAGUUGACAUAGUCCCAGGGCCAAGUACAGCGAUGCAACCCGGGACUACGUUAACUUCCAGCCUCGAACACGGAGCGACUGAUGAGUAGAGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGAAUAAAGAAGGAAAA--| AG CA U A A GCCAAGUAC UCGUG CG GUUG AAGUUGAC UAGUCCC GG \ GGCAC GC CGAC UUCAAUUG AUCAGGG CC A CGAGAUGAGUAGUCAGCGA^ AA UC C C C AACGUAGCG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cte-Mir-1990-P2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0013546 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUAAGUUGACAUAGUCCCAGG -22
Get sequence
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| Star sequence | Cte-Mir-1990-P2_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- CGGGACUACGUUAACUUCCAGC -65
Get sequence
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