| MirGeneDB ID | Hme-Mir-29-P2h | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-29 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGCACCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Longwing butterfly (Heliconius melpomene) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | hme-mir-998 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Hme-Mir-29-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-29-P2h Asu-Mir-29-P2 Bfl-Mir-29-P2 Bge-Mir-29-P2h Bla-Mir-29-P2 Cbr-Mir-29-P2 Cel-Mir-29-P2 Cgi-Mir-29-P2 Cin-Mir-29-P2 Csc-Mir-29-P2 Cte-Mir-29-P2 Dan-Mir-29-P2h Dma-Mir-29-P2h Dme-Mir-29-P2h Dmo-Mir-29-P2h Dpu-Mir-29-P2h Dsi-Mir-29-P2h Dya-Mir-29-P2h Esc-Mir-29-P2 Isc-Mir-29-P2 Lgi-Mir-29-P2 Npo-Mir-29-P2 Obi-Mir-29-P2 Ovu-Mir-29-P2 Pfl-Mir-29-P2 Pmi-Mir-29-P2 Sko-Mir-29-P2 Spu-Mir-29-P2 Tca-Mir-29-P2h Xbo-Mir-29-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Hmel_1) |
HE672080: 325259-325313 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-29-P2h) |
Mir-29-P2h
HE672080: 325259-325313 [-]
Ensembl
Mir-2-P7 HE672080: 326757-326812 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAAGGGCCAGUGUGGCACGGGGCGUCCCCGAGCUACAUCCCGUGGGGCUCCAGUCUGUGCGUGUAGCACCAUGGGAUUCAGCUCAGGGCGGCCGCGACUAACAUCUACUAACAUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AAAGGGCCAGUGUGGCA-- -| G U C AC G C GUCU CG GG CG CCC GAGCU AUCCCGUGG GCU CA \ GC CC GC GGG CUCGA UAGGGUACC CGA GU G CUACAAUCAUCUACAAUCA G^ G - A CU A U GCGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Hme-Mir-29-P2h_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCUACAUCCCGUGGGGCUCCA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Hme-Mir-29-P2h_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0025001 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
33- UAGCACCAUGGGAUUCAGCUCA -55
Get sequence
|
