| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-30-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-30 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GUAAACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-30b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cfa-Mir-30-P1a Cfa-Mir-30-P1b Cfa-Mir-30-P1d Cfa-Mir-30-P2b Cfa-Mir-30-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-30-P2a Ami-Mir-30-P2a Bta-Mir-30-P2a Cmi-Mir-30-P2a Cpi-Mir-30-P2a Cpo-Mir-30-P2a Dno-Mir-30-P2a Dre-Mir-30-P2a Ete-Mir-30-P2a Gga-Mir-30-P2a Gja-Mir-30-P2a Gmo-Mir-30-P2a Hsa-Mir-30-P2a Lch-Mir-30-P2a Loc-Mir-30-P2a Mal-Mir-30-P2a Mdo-Mir-30-P2a Mml-Mir-30-P2a Mmu-Mir-30-P2a Mun-Mir-30-P2a Oan-Mir-30-P2a Ocu-Mir-30-P2a Pbv-Mir-30-P2a Rno-Mir-30-P2a Sha-Mir-30-P2a Spt-Mir-30-P2a Sto-Mir-30-P2a Tgu-Mir-30-P2a Tni-Mir-30-P2a Xla-Mir-30-P2a1 Xla-Mir-30-P2a2 Xtr-Mir-30-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chr13: 30906038-30906097 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-30-P2a) |
Mir-30-P2a
chr13: 30906038-30906097 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-30-P1a chr13: 30910306-30910365 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAGUCCUGAUUGAAGCCAAGUUGCAGUUCAUGUAAACAUCCUACACUCAGCUGUAGUACAUGGAUUGGCUGGGAGGUGGAUGUUUACUUCAGCUGACUUGGAAUAUCAACCAUUAACAUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AAGUCCUGAUUGAAGCC----| UG CAU U A- GUAGUA AAGU CAGUU GUAAACAUCC AC CUCAGCU C UUCA GUCGA CAUUUGUAGG UG GGGUCGG A CUACAAUUACCAACUAUAAGG^ -- CUU - GA UUAGGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cfa-Mir-30-P2a_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0006617 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUAAACAUCCUACACUCAGCU -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-30b miRDB: MIMAT0006617 |
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| Star sequence | Cfa-Mir-30-P2a_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CUGGGAGGUGGAUGUUUACUUC -60
Get sequence
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