| MirGeneDB ID | Cel-Mir-277 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-277 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAAUGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cel-mir-232 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-277 Bge-Mir-277 Bpl-Mir-277 Cbr-Mir-277-P6a Cbr-Mir-277-P6b Cgi-Mir-277 Csc-Mir-277-P18a Csc-Mir-277-P18b Cte-Mir-277-P1 Cte-Mir-277-P2 Dan-Mir-277 Dma-Mir-277 Dme-Mir-277 Dmo-Mir-277 Dpu-Mir-277 Dsi-Mir-277 Dya-Mir-277 Efe-Mir-277 Esc-Mir-277 Hme-Mir-277 Isc-Mir-277 Lan-Mir-277-P3 Lan-Mir-277-P4 Lan-Mir-277-P5 Lgi-Mir-277 Lpo-Mir-277-P12 Lpo-Mir-277-P13 Lpo-Mir-277-P14 Lpo-Mir-277-P15 Lpo-Mir-277-P16 Lpo-Mir-277-P17 Npo-Mir-277 Obi-Mir-277 Ovu-Mir-277 Sme-Mir-277-P6a Sme-Mir-277-P6b Sme-Mir-277-P7a Sme-Mir-277-P7b Tca-Mir-277 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ce11) |
chrIV: 10994184-10994248 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-277) |
Mir-277
chrIV: 10994184-10994248 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-10-P2 chrIV: 11026035-11026096 [-] UCSC Ensembl Mir-52-P2 chrIV: 11027614-11027676 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGUUUGAAAAAUAAGUUCAAUUUUUGGAUCCCUGCAGUUUCGAUGAUUUUAUCCUUAAUUCUGAAGAUGUGAUAAAUGCAUCUUAACUGCGGUGAUCUAGAUCAUGAACACUUUUUUAAAAUUUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGUUUGAAAAAUAAGUU--| AUU C UC AU CUUAAUUC CA UUUGGAUC CUGCAGUU GAUG UUUAUC \ GU AGAUCUAG GGCGUCAA CUAC AAAUAG U AUUUAAAAUUUUUUCACAA^ ACU U UU GU UGUAGAAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cel-Mir-277_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0020777 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCUGCAGUUUCGAUGAUUUUAUC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Cel-Mir-277_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0000287 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- UAAAUGCAUCUUAACUGCGGUGA -65
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000287 TargetScanWorm: cel-miR-232 |
