| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-340 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-340 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UAUAAAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-340 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-340 Cfa-Mir-340 Cpo-Mir-340 Dno-Mir-340 Ete-Mir-340 Hsa-Mir-340 Mdo-Mir-340 Mml-Mir-340 Ocu-Mir-340 Rno-Mir-340-P1 Rno-Mir-340-P2 Sha-Mir-340-v1 Sha-Mir-340-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Theria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Theria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr11: 50069720-50069784 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAUUUCUAAAACCAAUUGUACUUGGUGUGAUUAUAAAGCAAUGAGACUGAUUGUCAUAUGUCGUUUGUGGGAUCCGUCUCAGUUACUUUAUAGCCAUACCUGGUAUCUUAACACCACAGAUCAUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GAUUUCUAAAACCAAUU-- U AU CAA-| U GUCAUAUG GUACU GGUGUG UAUAAAG UGAGAC GAUU U UAUGG CCAUAC AUAUUUC ACUCUG CUAG C GUACUAGACACCACAAUUC U CG AUUG^ C GGUGUUUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mmu-Mir-340_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0004651 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUAUAAAGCAAUGAGACUGAUU -22
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004651 TargetScanVert: mmu-miR-340-5p miRDB: MIMAT0004651 |
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| Star sequence | Mmu-Mir-340_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0000586 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- UCCGUCUCAGUUACUUUAUAGCC -65
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000586 TargetScanVert: mmu-miR-340-3p miRDB: MIMAT0000586 |
