| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-340 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-340 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UAUAAAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-340 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-340 Cpo-Mir-340 Dno-Mir-340 Ete-Mir-340 Hsa-Mir-340 Mdo-Mir-340 Mml-Mir-340 Mmu-Mir-340 Ocu-Mir-340 Rno-Mir-340-P1 Rno-Mir-340-P2 Sha-Mir-340-v1 Sha-Mir-340-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Theria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Theria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chr11: 1704597-1704661 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGUUUCUAAAACUCUUUGUACCUGAUGCGAUUAUAAAGCAAUGAGACUGAUUGUCAUGUGUCGGUUGUGGGAUCCGUCUCAGUUACUUUAUAGCCGUGCCUGGUACCUAACACCGCACACCACUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGUUUCUAAAACUCUUU-- UGA AU CAA-| U GUCAUGUG GUACC UGCG UAUAAAG UGAGAC GAUU U CAUGG GUGC AUAUUUC ACUCUG CUAG C GUCACCACACGCCACAAUC UCC CG AUUG^ C GGUGUUGG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cfa-Mir-340_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0009892 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUAUAAAGCAAUGAGACUGAUU -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-340 miRDB: MIMAT0009892 |
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| Star sequence | Cfa-Mir-340_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- UCCGUCUCAGUUACUUUAUAGCC -65
Get sequence
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