| MirGeneDB ID | Cpi-Mir-338-P2-as | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-338 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CAGCACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpi-Mir-338-P1 Cpi-Mir-338-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-338-P2 Ami-Mir-338-P2 Bta-Mir-338-P2 Bta-Mir-338-P2-as Cfa-Mir-338-P2 Cfa-Mir-338-P2-as Cli-Mir-338-P2 Cmi-Mir-338-P2 Cpo-Mir-338-P2 Dno-Mir-338-P2 Dre-Mir-338-P2a Dre-Mir-338-P2b Ebu-Mir-338-o2 Ete-Mir-338-P2 Ete-Mir-338-P2-as Gga-Mir-338-P2 Gja-Mir-338-P2 Gmo-Mir-338-P2a Gmo-Mir-338-P2b Hsa-Mir-338-P2 Hsa-Mir-338-P2-as Lch-Mir-338-P2 Loc-Mir-338-P2 Mal-Mir-338-P2a Mal-Mir-338-P2b Mdo-Mir-338-P2 Mml-Mir-338-P2 Mml-Mir-338-P2-as Mmu-Mir-338-P2 Mmu-Mir-338-P2-as Mun-Mir-338-P2e Mun-Mir-338-P2f Oan-Mir-338-P2 Ocu-Mir-338-P2 Pbv-Mir-338-P2 Rno-Mir-338-P2 Rno-Mir-338-P2-as Sha-Mir-338-P2 Spt-Mir-338-P2 Sto-Mir-338-P2 Tgu-Mir-338-P2 Tgu-Mir-338-P2-as Tni-Mir-338-P2a Tni-Mir-338-P2b Xla-Mir-338-P2c Xla-Mir-338-P2d Xtr-Mir-338-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Amniota | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (chrPic1) |
JH584464: 13339451-13339515 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GACGGCCCCAGAAGCCAGCGCUCGCCCUCUUCAACAAAAUCACUGAUGCUGGAGUCUCCGUGUGCAACUCACUCAGCACCAGGAUAUUGUUGGGGAGGAGAAGCCAGAGGGCGGUGGGUGGACCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GACGGCCCCAGAAGCCA----| GC GC A A A G UCUCCGUG GC UC CCUCUUCAACAA AUC CUG UGCUG AG \ CG AG GGAGGGGUUGUU UAG GAC ACGAC UC U ACCAGGUGGGUGGCGGGAGAC^ A- A- A - C - ACUCAACG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpi-Mir-338-P2-as_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCAACAAAAUCACUGAUGCUGGAG -24
Get sequence
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| Mature sequence | Cpi-Mir-338-P2-as_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- UCAGCACCAGGAUAUUGUUGGGG -65
Get sequence
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