| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-24-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-24 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGCUCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-24-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cfa-Mir-24-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-24-P3 Ami-Mir-24-P3 Bta-Mir-24-P3 Cmi-Mir-24-P3 Cpi-Mir-24-P3 Cpo-Mir-24-P3 Dno-Mir-24-P3 Dre-Mir-24-P3 Ete-Mir-24-P3 Gga-Mir-24-P3 Gja-Mir-24-P3 Gmo-Mir-24-P3 Hsa-Mir-24-P3 Lch-Mir-24-P3 Loc-Mir-24-P3 Mdo-Mir-24-P3 Mml-Mir-24-P3 Mmu-Mir-24-P3 Mun-Mir-24-P3a Mun-Mir-24-P3b Oan-Mir-24-P3 Ocu-Mir-24-P3 Pbv-Mir-24-P3 Rno-Mir-24-P3 Sha-Mir-24-P3 Sto-Mir-24-P3 Tgu-Mir-24-P3 Tni-Mir-24-P3 Xla-Mir-24-P3c Xla-Mir-24-P3d Xtr-Mir-24-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chr20: 48620685-48620744 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-24-P3) |
Mir-181-P2c
chr20: 48593159-48593221 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-181-P1c chr20: 48593343-48593403 [-] UCSC Ensembl Mir-23-P3 chr20: 48620332-48620390 [+] UCSC Ensembl Mir-27-P3 chr20: 48620555-48620616 [+] UCSC Ensembl Mir-24-P3 chr20: 48620685-48620744 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUGUCUGGGCCUCCCUGGGCUCUGCCUCCCGUGCCUACUGAGCUGAAACACAGUUGAUUUGUGCAGACUGGCUCAGUUCAGCAGGAACAGGAGUCGAGCCCCCUCGGAGCCUGUGGCGCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUGUCUGGGCCUCCCUG---| U C C G A AACA UGAUU GGCUC G CUCC GU CCU CUGAGCUGA CAGU U CCGAG C GAGG CA GGA GACUUGACU GUCA G CCGCGGUGUCCGAGGCUCCC^ - U A A C CG-- GACGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cfa-Mir-24-P3_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUGCCUACUGAGCUGAAACACAGU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cfa-Mir-24-P3_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0006614 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UGGCUCAGUUCAGCAGGAACAG -60
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-24 miRDB: MIMAT0006614 |
