| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-181-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-181 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACAUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-181a-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cfa-Mir-181-P1a Cfa-Mir-181-P1c Cfa-Mir-181-P2a Cfa-Mir-181-P2b Cfa-Mir-181-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-181-P1b Ami-Mir-181-P1b Bta-Mir-181-P1b Cli-Mir-181-P1b Cmi-Mir-181-P1b Cpi-Mir-181-P1b Cpo-Mir-181-P1b Dno-Mir-181-P1b Dre-Mir-181-P1b2 Ete-Mir-181-P1b Gga-Mir-181-P1b Gja-Mir-181-P1b Gmo-Mir-181-P1b2 Hsa-Mir-181-P1b Lch-Mir-181-P1b Loc-Mir-181-P1b Mal-Mir-181-P1b2 Mdo-Mir-181-P1b Mml-Mir-181-P1b Mmu-Mir-181-P1b Mun-Mir-181-P1b Oan-Mir-181-P1b Ocu-Mir-181-P1b Pbv-Mir-181-P1b Rno-Mir-181-P1b Sha-Mir-181-P1b Spt-Mir-181-P1b Sto-Mir-181-P1b Tgu-Mir-181-P1b Tni-Mir-181-P1b1 Xla-Mir-181-P1b3 Xla-Mir-181-P1b4 Xtr-Mir-181-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chr9: 58302547-58302606 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-181-P1b) |
Mir-181-P2b
chr9: 58301314-58301373 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-181-P1b chr9: 58302547-58302606 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCAGAACCCAGCCUUCAGAGGACUCCAAGGAACAUUCAACGCUGUCGGUGAGUUUGGGAUUUGAAAAAACCACCGACCGUUGACUGUACCUUGGGGUCCUUACAAACAACACUACAUUUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCAGAACCCAGCCUUCA--| A U CU A UUGGGAU GAGGACUCCAAGG ACA UCAACG GUCGGUG GU \ UUCCUGGGGUUCC UGU AGUUGC CAGCCAC CA U CUUUACAUCACAACAAACA^ A C -- - AAAAAGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cfa-Mir-181-P1b_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0006707 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAUUCAACGCUGUCGGUGAGU -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-181a miRDB: MIMAT0006707 |
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| Star sequence | Cfa-Mir-181-P1b_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- ACCACCGACCGUUGACUGUACC -60
Get sequence
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