| MirGeneDB ID | Aca-Mir-2970 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2970 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACAGUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | aca-mir-2970 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-2970 Cli-Mir-2970 Cpi-Mir-2970 Gga-Mir-2970 Gja-Mir-2970 Lch-Mir-2970 Mdo-Mir-2970 Mun-Mir-2970 Oan-Mir-2970 Pbv-Mir-2970 Sha-Mir-2970 Spt-Mir-2970 Tgu-Mir-2970 Xla-Mir-2970-P1 Xla-Mir-2970-P2 Xtr-Mir-2970 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Sarcopterygii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Sarcopterygii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (anoCar2) |
2: 187861425-187861483 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2970) |
Mir-2970
2: 187861425-187861483 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-425 2: 187863035-187863096 [-] UCSC Ensembl Mir-191 2: 187865108-187865171 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUACCUAUAUACUUGAGAUCUGUCACUGCAGACAGUCAGUAGUUGGUCUGGCAUAAGCAGAAAGUUUCAGAUCACCUCUUGGCUGUGAGUAGUGUGGAGCCCUGCCCUAUUUUACUAUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AUACCUAUAUACUUGAGA---| U AG U U CAUAAGC UCUG CACUGC ACAGUCAG AG UGGUCUGG \ AGGU GUGAUG UGUCGGUU UC ACUAGACU A GUAUCAUUUUAUCCCGUCCCG^ - AG C C UUGAAAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut +1 on the 3p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Aca-Mir-2970_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0021909 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GACAGUCAGUAGUUGGUCUGGC -22
Get sequence
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| Star sequence | Aca-Mir-2970_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0021910 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CAGAUCACCUCUUGGCUGUGAG -59
Get sequence
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