| MirGeneDB ID | Xtr-Mir-22-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-22 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGCUGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xtr-mir-22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-22-P1b Ami-Mir-22-P1b Bfl-Mir-22-o1b Bfl-Mir-22-P1 Bla-Mir-22-o1b Bla-Mir-22-P1 Bpl-Mir-22-P1 Bta-Mir-22-P1b Cfa-Mir-22-P1b Cgi-Mir-22-P1 Cli-Mir-22-P1b Cmi-Mir-22-P1b Cpi-Mir-22-P1b Cpo-Mir-22-P1b Cte-Mir-22-P1 Dno-Mir-22-P1b Dre-Mir-22-P1b1 Dre-Mir-22-P1b2 Esc-Mir-22-P1 Ete-Mir-22-P1b Gga-Mir-22-P1b Gja-Mir-22-P1b Gmo-Mir-22-P1b1 Gmo-Mir-22-P1b2 Hsa-Mir-22-P1b Lan-Mir-22-P1 Lch-Mir-22-P1b Lgi-Mir-22-P1 Loc-Mir-22-P1b Mal-Mir-22-P1b1 Mal-Mir-22-P1b2 Mdo-Mir-22-P1b Mml-Mir-22-P1b Mmu-Mir-22-P1b Mun-Mir-22-P1b Npo-Mir-22-P1 Oan-Mir-22-P1b Obi-Mir-22-P1 Ocu-Mir-22-P1b Ovu-Mir-22-P1 Pbv-Mir-22-P1b Pfl-Mir-22-P1 Rno-Mir-22-P1b Sha-Mir-22-P1b Sme-Mir-22-P1 Spt-Mir-22-P1b Sto-Mir-22-P1b Tgu-Mir-22-P1b Tni-Mir-22-P1b1 Tni-Mir-22-P1b2 Xla-Mir-22-P1b3 Xla-Mir-22-P1b4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (xenTro9_add) |
chr2: 40225984-40226045 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UAGCCCAUGUUUUUCUGGCCCGCUAGAAGCAGUUCUUCAGUGGCAAGCUUUAUGUUGUUCCUCUGUGCUAAAGCUGCCAGUUGAAGAACUGUUGAAAGUGGCUACUGUUCGACUGGGAUUAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UAGCCCAUGUUUUUCUG---| C AGA - A UGUUGUU GCC GCU AGCAGUUCUUCAG UGGCA GCUUUA C CGG UGA UUGUCAAGAAGUU ACCGU CGAAAU C UAUUAGGGUCAGCUUGUCAU^ - AAG G - CGUGUCU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xtr-Mir-22-P1b_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0003671 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUUCUUCAGUGGCAAGCUUUA -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-22-5p |
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| Mature sequence | Xtr-Mir-22-P1b_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0003672 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- AAGCUGCCAGUUGAAGAACUGU -62
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-22-3p |
