| MirGeneDB ID | Tni-Mir-29-P2b1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-29 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGCACCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tni-mir-29a-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tni-Mir-29-P1b1 Tni-Mir-29-P1b2 Tni-Mir-29-P1d1 Tni-Mir-29-P1d2 Tni-Mir-29-P2d1 Tni-Mir-29-P2d2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-29-P2b Ami-Mir-29-P2b Asu-Mir-29-P2 Bfl-Mir-29-P2 Bla-Mir-29-P2 Bta-Mir-29-P2b Cbr-Mir-29-P2 Cel-Mir-29-P2 Cfa-Mir-29-P2b Cgi-Mir-29-P2 Cin-Mir-29-P2 Cli-Mir-29-P2b Cmi-Mir-29-P2b Cpi-Mir-29-P2b Cpo-Mir-29-P2b Csc-Mir-29-P2 Cte-Mir-29-P2 Dno-Mir-29-P2b Dre-Mir-29-P2b1 Esc-Mir-29-P2 Ete-Mir-29-P2b Gga-Mir-29-P2b Gja-Mir-29-P2b Gmo-Mir-29-P2b1 Hsa-Mir-29-P2b Isc-Mir-29-P2 Lch-Mir-29-P2b Lgi-Mir-29-P2 Loc-Mir-29-P2b Mal-Mir-29-P2b1-v1 Mal-Mir-29-P2b1-v2 Mdo-Mir-29-P2b Mml-Mir-29-P2b Mmu-Mir-29-P2b Mun-Mir-29-P2b Npo-Mir-29-P2 Oan-Mir-29-P2b Obi-Mir-29-P2 Ocu-Mir-29-P2b Ovu-Mir-29-P2 Pbv-Mir-29-P2b Pfl-Mir-29-P2 Pmi-Mir-29-P2 Rno-Mir-29-P2b Sha-Mir-29-P2b Sko-Mir-29-P2 Spt-Mir-29-P2b Spu-Mir-29-P2 Sto-Mir-29-P2b Tgu-Mir-29-P2b Xbo-Mir-29-P2 Xtr-Mir-29-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
Un_random: 8673485-8673545 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-29-P2b1) |
Mir-29-P1b1
Un_random: 8673333-8673394 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-29-P2b1 Un_random: 8673485-8673545 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAAGCUACAGUGUUUCUCCACCAAAAGAUGACUGAUUUCCUCUGGUGCUUAGAGCCGCCUGCAGCCUUCUAGCACCAUUUGAAAUCGGUUAUAAAACUGUGGAUCAGUGCACCUCCAGGACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAAGCUACAGUGUUUCU--| CAAAAG CUC U AGCCGCC CCAC AUGACUGAUUUC UGGUGCU AG U GGUG UAUUGGCUAAAG ACCACGA UC G CAGGACCUCCACGUGACUA^ UCAAAA UUU - UUCCGAC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | MIGHT be a Group 2 - check | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Tni-Mir-29-P2b1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUGAUUUCCUCUGGUGCUUAG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Tni-Mir-29-P2b1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0003054 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UAGCACCAUUUGAAAUCGGUUA -61
Get sequence
|
