| MirGeneDB ID | Oan-Let-7-P2b1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | LET-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAGGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Platypus (Ornithorhynchus anatinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | oan-let-7f-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Oan-Let-7-P1b Oan-Let-7-P1c Oan-Let-7-P1d Oan-Let-7-P2a1 Oan-Let-7-P2a2 Oan-Let-7-P2a3 Oan-Let-7-P2a4 Oan-Let-7-P2b2 Oan-Let-7-P2b3 Oan-Let-7-P2b4 Oan-Let-7-P2c1 Oan-Let-7-P2c2 Oan-Let-7-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Let-7 Aca-Let-7-P2b1 Ami-Let-7-P2b1 Bge-Let-7 Bpl-Let-7 Bta-Let-7-P2b1 Cfa-Let-7-P2b1 Cgi-Let-7 Cli-Let-7-P2b1 Cpi-Let-7-P2b1 Cpo-Let-7-P2b1 Cte-Let-7 Dan-Let-7 Dma-Let-7 Dme-Let-7 Dmo-Let-7 Dno-Let-7-P2b1 Dpu-Let-7 Dre-Let-7-P2b1a Dsi-Let-7 Dya-Let-7 Esc-Let-7 Ete-Let-7-P2b1 Gga-Let-7-P2b1 Gja-Let-7-P2b1 Gmo-Let-7-P2b1a Hme-Let-7 Hsa-Let-7-P2b1 Isc-Let-7 Lan-Let-7 Lch-Let-7-P2b1 Lgi-Let-7 Loc-Let-7-P2b1 Mal-Let-7-P2b1a Mdo-Let-7-P2b1 Mml-Let-7-P2b1 Mmu-Let-7-P2b1 Mun-Let-7-P2b1 Npo-Let-7 Obi-Let-7 Ocu-Let-7-P2b1 Ovu-Let-7 Pbv-Let-7-P2b1 Pfl-Let-7 Pmi-Let-7 Rno-Let-7-P2b1 Sha-Let-7-P2b1 Sko-Let-7 Spt-Let-7-P2b1 Spu-Let-7 Tca-Let-7 Tgu-Let-7-P2b1 Xbo-Let-7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mOrnAna1.p.v1_plustraces) |
NC_041749.1: 77606476-77606553 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Let-7-P2b1) |
Let-7-P2b1
NC_041749.1: 77606476-77606553 [+]
Let-7-P2c1 NC_041749.1: 77607860-77607934 [+] |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUUUGCUAAGGAUGGAUUGCUCUGGCAGAGUGAGGUAGUAGAUUGUAUAGUUUUUAGGGUAGUAAUUUUAUCCUUUUCCGGAGAUAACUAUACAAUCUAUUGCCUUCCCUGAGGAGCAGAAUUUCUACGGUGGUUUCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GUUUGCUAAGGAUGGAU---| GG AGU UUUAGGGUAGUAAUUU UGCUCU CAG GAGGUAGUAGAUUGUAUAGUU \ ACGAGG GUC UUCCGUUAUCUAACAUAUCAA U UCUUUGGUGGCAUCUUUAAG^ A- CC- UAGAGGCCUUUUCCUA 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Oan-Let-7-P2b1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0007179 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAGGUAGUAGAUUGUAUAGUU -22
Get sequence
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| Star sequence | Oan-Let-7-P2b1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0007180 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
57- CUAUACAAUCUAUUGCCUUCC -78
Get sequence
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