| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-17-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-106b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mmu-Mir-17-P1a Mmu-Mir-17-P1c Mmu-Mir-17-P2a Mmu-Mir-17-P2c Mmu-Mir-17-P4a Mmu-Mir-17-P4c Mmu-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-17-P1d Bta-Mir-17-P1d Cfa-Mir-17-P1d Cmi-Mir-17-P1d Cpi-Mir-17-P1d Cpo-Mir-17-P1d Dno-Mir-17-P1d Ete-Mir-17-P1d Gmo-Mir-17-P1d Hsa-Mir-17-P1d Lch-Mir-17-P1d Loc-Mir-17-P1d Mal-Mir-17-P1d Mml-Mir-17-P1d Ocu-Mir-17-P1d Rno-Mir-17-P1d Sto-Mir-17-P1d Tni-Mir-17-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr5: 138165746-138165807 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P1d) |
Mir-92-P2d
chr5: 138165332-138165391 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P4d chr5: 138165535-138165596 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1d chr5: 138165746-138165807 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUCCUUCCCUCCUACCAGCCCUGCUGGGACUAAAGUGCUGACAGUGCAGAUAGUGGUCCUCUCUGUGCUACCGCACUGUGGGUACUUGCUGCUCCAGCAGGGCACGUGCAACGCCCAUGGAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CUCCUUCCCUCCUACCA-- -|ACUA G AGAUAGUGGUCC GCCCUGCUGG G AAGUGCU ACAGUGC \ CGGGACGACC C UUCAUGG UGUCACG U GAGGUACCCGCAACGUGCA U^GUCG G CCAUCGUGUCUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There are Dicer cuts +1 and +2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mmu-Mir-17-P1d_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0000386 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAAGUGCUGACAGUGCAGAUA -22
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000386 TargetScanVert: mmu-miR-106b-5p miRDB: MIMAT0000386 |
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| Star sequence | Mmu-Mir-17-P1d_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0004582 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CCGCACUGUGGGUACUUGCUGC -62
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004582 TargetScanVert: mmu-miR-106b-3p miRDB: MIMAT0004582 |
