| MirGeneDB ID | Mml-Mir-504-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-504 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACCCUGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rhesus monkey (Macaca mulatta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mml-mir-504 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mml-Mir-504-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-504 Cfa-Mir-504-v2 Cpo-Mir-504-v2 Dno-Mir-504-v2 Ete-Mir-504-v2 Hsa-Mir-504-v2 Mmu-Mir-504-v2 Ocu-Mir-504-v2 Rno-Mir-504-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (rheMac8_trace) |
chrX: 132543898-132543954 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-504-v2) |
Mir-504-v1
chrX: 132543897-132543955 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-504-v2 chrX: 132543898-132543954 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGUGGAAUGUUGAAUCAGCUGCUGUUGGGAGACCCUGGUCUGCACUCUAUCUGUAUUCUUACUGAAGGGAGCGCAGGGCAGGGUUUCCCAUACAGAGGGCACAGACUACCACCGUAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AGUGGAAUGUUGAAUCAG- G - G A A-| UGUAU CU CUGU UGGGAGACCCUG UCUGC CUCU UC U GG GACA ACCCUUUGGGAC GGACG GAGG AG C UAUGCCACCAUCAGACACG A U G C GA^ UCAUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut +1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mml-Mir-504-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0006368 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GACCCUGGUCUGCACUCUAUC -21
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mml-miR-504-5p |
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| Star sequence | Mml-Mir-504-v2_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0026891 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- GGGAGCGCAGGGCAGGGUUUC -57
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mml-miR-504-3p |
