| MirGeneDB ID | Mdo-Mir-8-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-8 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAUACUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mdo-mir-429 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mdo-Mir-8-P1a Mdo-Mir-8-P1b Mdo-Mir-8-P2a Mdo-Mir-8-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-8 Aca-Mir-8-P3a Ami-Mir-8-P3a Asu-Mir-8 Bfl-Mir-8-P3 Bge-Mir-8 Bla-Mir-8-P3 Bpl-Mir-8 Bta-Mir-8-P3a Cbr-Mir-8 Cel-Mir-8 Cfa-Mir-8-P3a Cgi-Mir-8 Cli-Mir-8-P3a Cmi-Mir-8-P3a Cpi-Mir-8-P3a Cpo-Mir-8-P3a Csc-Mir-8 Cte-Mir-8 Dan-Mir-8 Dma-Mir-8 Dme-Mir-8 Dmo-Mir-8 Dno-Mir-8-P3a Dpu-Mir-8 Dre-Mir-8-P3a Dsi-Mir-8 Dya-Mir-8 Esc-Mir-8 Ete-Mir-8-P3a Gga-Mir-8-P3a Gja-Mir-8-P3a Gmo-Mir-8-P3a Hme-Mir-8 Hsa-Mir-8-P3a Isc-Mir-8 Lan-Mir-8 Lch-Mir-8-P3a Lgi-Mir-8 Loc-Mir-8-P3a Mal-Mir-8-P3a Mml-Mir-8-P3a Mmu-Mir-8-P3a Mun-Mir-8-P3a Npo-Mir-8 Oan-Mir-8-P3a Obi-Mir-8 Ocu-Mir-8-P3a Ovu-Mir-8 Pbv-Mir-8-P3a Pfl-Mir-8 Pmi-Mir-8 Rno-Mir-8-P3a Sha-Mir-8-P3a Sko-Mir-8 Spt-Mir-8-P3a Spu-Mir-8 Sto-Mir-8-P3a Tca-Mir-8 Tni-Mir-8-P3a Xla-Mir-8-P3a1 Xla-Mir-8-P3a2 Xtr-Mir-8-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
4: 389175432-389175490 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-8-P3a) |
Mir-8-P1a
4: 389166961-389167020 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-8-P2a 4: 389169624-389169683 [+] UCSC Ensembl Mir-8-P3a 4: 389175432-389175490 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUCCACAGCCUGGCCUGCCUGCUGAUUGGUGUCUUACCAGACAAAGUUAGAUCUCGCUAUUUCUGUCUAAUACUGUCUGGUAAUGCCAUUGGUCACACUGGCAAUAUCUUCGACCCUUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CUCCACAGCCUGGCCUG- UGC- UG -| C AA UCUCGC CC UGAU GU GU UUACCAGACA GUUAGA U GG ACUG UA CG AAUGGUCUGU UAAUCU A GUUCCCAGCUUCUAUAAC UCAC GU C^ U CA GUCUUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mdo-Mir-8-P3a_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUCUUACCAGACAAAGUUAGA -21
Get sequence
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| Mature sequence | Mdo-Mir-8-P3a_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0012741 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UAAUACUGUCUGGUAAUGCCAU -59
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-429 |
