| MirGeneDB ID | Isc-Mir-252-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-252 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UAAGUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Deer tick (Ixodes scapularis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Isc-Mir-252-P1 Isc-Mir-252-P2-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-252-P2 Bfl-Mir-252-P2 Bge-Mir-252-P2-v1 Bge-Mir-252-P2-v2 Bla-Mir-252-P2 Cbr-Mir-252-P2 Cel-Mir-252-P2 Cgi-Mir-252-P2 Csc-Mir-252-P2 Cte-Mir-252-P2 Dan-Mir-252-P2-v1 Dan-Mir-252-P2-v2 Dma-Mir-252-P2 Dme-Mir-252-P2-v1 Dme-Mir-252-P2-v2 Dmo-Mir-252-P2-v1 Dmo-Mir-252-P2-v2 Dpu-Mir-252-P2-v1 Dpu-Mir-252-P2-v2 Dsi-Mir-252-P2-v1 Dsi-Mir-252-P2-v2 Dya-Mir-252-P2-v1 Dya-Mir-252-P2-v2 Hme-Mir-252-P2 Lan-Mir-252-P2 Lgi-Mir-252-P2 Lpo-Mir-252-P2c Lpo-Mir-252-P2d Npo-Mir-252-P2 Pfl-Mir-252-P2 Pmi-Mir-252-P2 Sko-Mir-252-P2 Spu-Mir-252-P2 Tca-Mir-252-P2 Xbo-Mir-252-P2g Xbo-Mir-252-P2h | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (IscaWI) |
DS858616: 253417-253478 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAGAUGUCUCCGGCCGUGUGACACUCCGGGCUAAGUACUAGCGCCGUAGGAGUGGGGUUUUUGGACACUCCCCCACGCCUUGGUGUUUCCCGAGGGCGUUAAUGUUGUGCCUUUAACCCCGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AAGAUGUCUCCGGCCGUG--- A -| CU C C A-- UGGGGUU UGAC CUC CGGG AAGUACUAG GC GU GGAG \ AUUG GGG GCCC UUUGUGGUU CG CA CCUC U GGCCCCAAUUUCCGUGUUGUA C A^ -- C - CCC ACAGGUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Isc-Mir-252-P2-v1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUAAGUACUAGCGCCGUAGGAG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Isc-Mir-252-P2-v1_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CCCCACGCCUUGGUGUUUCCCG -62
Get sequence
|
