| MirGeneDB ID | Hme-Mir-279-o33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-279 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GACUAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Longwing butterfly (Heliconius melpomene) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | hme-mir-279d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Hme-Mir-279-o31 Hme-Mir-279-o32 Hme-Mir-279-o34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bpl-Mir-279 Cgi-Mir-279 Esc-Mir-279 Isc-Mir-279 Lgi-Mir-279 Npo-Mir-279 Obi-Mir-279 Ovu-Mir-279 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | H. melpomene | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Hmel_1) |
HE670979: 4653-4713 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-279-o33) |
Mir-279-o33
HE670979: 4653-4713 [-]
Ensembl
Mir-279-o32 HE670979: 5122-5178 [-] Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAUGGGUAGAUUUGACUUGAUGAUCUUUGUGGGCGAGUUUGCUUCUGGUUCAUGUCAAAUUAACAUCAUGACUAGAUCCAUACUCGUCUGCAGCCAUCAACUCAAUCAACAUUAAUUAAAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAUGGGUAGAUUUGACU-----| AUCU UG U CU U UCAAA UGAUG UUG GGCGAGU UG UCUGGU CAUG U ACUAC GAC CUGCUCA AC AGAUCA GUAC U UAAAUUAAUUACAACUAACUCA^ C--- GU U CU - UACAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Drosha cut -1 on the 5p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Hme-Mir-279-o33_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGGCGAGUUUGCUUCUGGUUCAUG -24
Get sequence
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| Mature sequence | Hme-Mir-279-o33_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0024965 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UGACUAGAUCCAUACUCGUCUGC -61
Get sequence
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