| MirGeneDB ID | Cte-Mir-2705 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2705 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CUGCAAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cte-mir-2705 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Efe-Mir-2705 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Annelida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Annelida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_122: 377049-377108 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2705) |
Mir-2705
CAPTEscaffold_122: 377049-377108 [+]
Ensembl
Mir-1987 CAPTEscaffold_122: 378005-378063 [+] Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UAAUUGCAAAUAACAUGCGCUUUGAGGUUGGGAGCACUUGCCGUUUGCAAAUGUUGCCUUCAUUUCAUCUGCAAGGUAAAGUGCUGUCCAACUUGAUAGUGCGAACCCUCCGAGAGUAUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UAAUUGCAAAUAACAUG-- UUG - -| GU A UUGCC CGCU AGGUUGGG AGCAC UUGCC UUGCA AUG U GUGA UUCAACCU UCGUG AAUGG AACGU UAC U UUAUGAGAGCCUCCCAAGC UAG G A^ -- C UUUAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | A star has not yet been recorded from this miRNA but it is deeply conserved across annelids. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cte-Mir-2705_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGAGCACUUGCCGUUUGCAAAUG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Cte-Mir-2705_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0013571 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UCUGCAAGGUAAAGUGCUGUCCA -60
Get sequence
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