| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-592 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-592 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGUGUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-592 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-592 Cpo-Mir-592 Dno-Mir-592 Ete-Mir-592 Hsa-Mir-592 Mml-Mir-592 Mmu-Mir-592 Ocu-Mir-592 Rno-Mir-592 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chr14: 9182255-9182314 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAUUUAAUUUGAUGAUAUUAUGCCAUGACAUUGUGUCAAUAUGCGAUGAUGUGUGUGAUGGCACAGCGUCAUCACGUGGUGACGCAACAUCAUGACGUAAGACAUCACAACGCCAAUUAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AAUUUAAUUUGAUGAUA---| C CA A C GUGUGA UUAUG CAUGA UUGUGUCA UAUG GAUGAUGU \ AAUGC GUACU AACGCAGU GUGC CUACUGCG U AAUUAACCGCAACACUACAG^ A AC G A ACACGG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | Mir-592 was classified in Fromm et al. (2015) as a non-canonical miRNA as the Dicer cut is always +3 but given the conservation of the sequence and that it is clearly processed by Drosha it is accepted here as a bona fide miRNA. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cfa-Mir-592_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0009918 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUGUGUCAAUAUGCGAUGAUGU -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-592 miRDB: MIMAT0009918 |
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| Star sequence | Cfa-Mir-592_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UCAUCACGUGGUGACGCAACAU -60
Get sequence
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