| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-28-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-28 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGGAGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-708 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cfa-Mir-28-P1 Cfa-Mir-28-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-28-P3 Cpo-Mir-28-P3 Dno-Mir-28-P3 Ete-Mir-28-P3 Hsa-Mir-28-P3 Mml-Mir-28-P3 Mmu-Mir-28-P3 Ocu-Mir-28-P3 Rno-Mir-28-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chr21: 19542577-19542645 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACUGCUGUGUGUGAAAUGGUAACUGCCCUCAAGGAGCUUACAAUCUAGCUGGGGGUGAACGGCUUGCACAUGAACGCAACUAGACUGUGAGCUUCUAGAGGGCAGGGACCUUACCCUAGUCAUCUCUCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 ACUGCUGUGUGUGAAAU--| AA A A C GGGGUGAACGGC GGU CUGCCCUC AGGAGCUUACA UCUAG UG \ CCA GACGGGAG UCUUCGAGUGU AGAUC AC U UCUCUCUACUGAUCCCAUU^ GG A C A GCAAGUACACGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cfa-Mir-28-P3_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0006643 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAGGAGCUUACAAUCUAGCUGGG -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-708 miRDB: MIMAT0006643 |
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| Star sequence | Cfa-Mir-28-P3_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
46- CAACUAGACUGUGAGCUUCUAGA -69
Get sequence
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