| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-185 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-185 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGAGAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-185 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-185 Cpo-Mir-185 Dno-Mir-185 Ete-Mir-185 Hsa-Mir-185 Mml-Mir-185 Mmu-Mir-185 Ocu-Mir-185 Rno-Mir-185 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chr26: 29296014-29296069 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-185) |
Mir-1306
chr26: 29255668-29255728 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-185 chr26: 29296014-29296069 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGGGCCUGGCUUGAGUGGGGGGUGAGGGAUUGGAGAGAAAGGCAGUUCCUGAUGGUCCCCUCCCCAGGGGCUGGCUUUCCUCUGGUCCUUCCCUCCCAAUGACCACGUCUUCAUCGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CGGGCCUGGCUUGAGUG--| U UG A G AUGGUC GGGGG GAGGGAU GAG GAAAG CAGUUCCUG \ CCCUC CUUCCUG CUC CUUUC GUCGGGGAC C GCUACUUCUGCACCAGUAA^ C GU - G CCCUCC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | In dog the highest read count for the Dicer cut for the 3p arm is shifted +1 but the corresponding 5p arm reads are only about ~50% of the read annotated here. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cfa-Mir-185_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0006660 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGAGAGAAAGGCAGUUCCUGA -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-185 miRDB: MIMAT0006660 |
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| Star sequence | Cfa-Mir-185_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- AGGGGCUGGCUUUCCUCUGGU -56
Get sequence
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