| MirGeneDB ID | Aca-Mir-5452 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-5452 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGCCCUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | aca-mir-5452 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | A. carolinensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | A. carolinensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (anoCar2) |
GL343282.1: 1468406-1468464 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-5452) |
Mir-5452
GL343282.1: 1468406-1468464 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-5408 GL343282.1: 1472528-1472585 [-] UCSC Ensembl Mir-5406 GL343282.1: 1474914-1474970 [-] UCSC Ensembl Mir-5407 GL343282.1: 1475314-1475373 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCAUCUCCUAAAACGGAAGGGGGGCACCUUUGGCCCUCCUGUUGCUGCUGGAGUCCAGCUCUCAAUCCAACAACAGCCGGAGGGCUGGAGGUUCCCCACCUCAGGUCUGAAACAAGGAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GCAUCUCCUAAAACGGA- -| C UG U C C GUCCAG AGG GGGG ACCUU GCCCUCC GUUG UG UGGA \ UCC CCCC UGGAG CGGGAGG CGAC AC ACCU C GAGGAACAAAGUCUGGAC A^ U GU C A A AACUCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Aca-Mir-5452_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0022075 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGCCCUCCUGUUGCUGCUGGA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Aca-Mir-5452_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0022076 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CAACAACAGCCGGAGGGCUGGA -59
Get sequence
|
