| MirGeneDB ID | Aca-Mir-5406 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-5406 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UUUAGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | aca-mir-5406 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | A. carolinensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | A. carolinensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (anoCar2) |
GL343282.1: 1474914-1474970 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-5406) |
Mir-5452
GL343282.1: 1468406-1468464 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-5408 GL343282.1: 1472528-1472585 [-] UCSC Ensembl Mir-5406 GL343282.1: 1474914-1474970 [-] UCSC Ensembl Mir-5407 GL343282.1: 1475314-1475373 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAGUCCUGGAUGUUUGGGGACAGUUCUUCCUUUUAGACUGGCACUCCUAGAAUCUCUCCGAACAUCUAGGAGCGAAACUCUAAAAGAAGAACCUCUCUCCCUCUGCUUUGAAAGUCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GAGUCCUGGAUGUUUGG----| CA C CUGGCA AUCUCU GGA GUUCUUC UUUUAGA CUCCUAGA \ UCU CAAGAAG AAAAUCU GAGGAUCU C CCUGAAAGUUUCGUCUCCCUC^ C- - CAAAGC ACAAGC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Aca-Mir-5406_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0022020 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUUUAGACUGGCACUCCUAGA -21
Get sequence
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| Star sequence | Aca-Mir-5406_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0022021 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UAGGAGCGAAACUCUAAAAGA -57
Get sequence
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