| MirGeneDB ID | Aae-Mir-3-P2a1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-3 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CACUGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Yellow fever mosquito (Aedes aegypti) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | aae-mir-309a-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Aae-Mir-3-P2a2 Aae-Mir-3-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dan-Mir-3-P2 Dma-Mir-3 Dme-Mir-3-P2 Dmo-Mir-3-P2 Dpu-Mir-3 Dsi-Mir-3-P2 Dya-Mir-3-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | A. aegypti | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Aaeg_L3) |
supercont1.602: 94041-94109 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-3-P2a1) |
Mir-279-P2b1
supercont1.602: 93485-93563 [+]
Ensembl
Mir-2-P5a supercont1.602: 93656-93722 [+] Ensembl Mir-3-P2a1 supercont1.602: 94041-94109 [+] Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUGAUUCCAAAAUAUCCACCGAAUGUUAUGCGACUAACUUCGUUCAGUUUGGUGUCAUACGAAGGUUUCCAGUUUCAUCACUGGGCAAAGUUUGUCGCAUAAAUGCAAAUAAUUCAUCCGUUGCAGUUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GUGAUUCCAAAAUAUCCACCGAAUG-- U C U-| UGUCAUACGA UUAUGCGAC AACUU GUUCAGU UGG A AAUACGCUG UUGAA CGGGUCA ACU G GUUGACGUUGCCUACUUAAUAAACGUA U A CU^ UUGACCUUUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Aae-Mir-3-P2a1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGACUAACUUCGUUCAGUUUGGU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Aae-Mir-3-P2a1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0014272 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
47- UCACUGGGCAAAGUUUGUCGCA -69
Get sequence
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