| MirGeneDB ID | Xla-Mir-143-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-143 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAGAUGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xla-mir-143 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-143-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-143 Ami-Mir-143 Bta-Mir-143 Cfa-Mir-143 Cli-Mir-143 Cmi-Mir-143 Cpi-Mir-143 Cpo-Mir-143 Dno-Mir-143 Dre-Mir-143 Ebu-Mir-143 Ete-Mir-143 Gga-Mir-143 Gja-Mir-143 Gmo-Mir-143 Hsa-Mir-143 Lch-Mir-143 Loc-Mir-143 Mal-Mir-143 Mdo-Mir-143 Mml-Mir-143 Mmu-Mir-143 Mun-Mir-143 Oan-Mir-143 Ocu-Mir-143 Pbv-Mir-143 Pma-Mir-143 Rno-Mir-143 Sha-Mir-143 Spt-Mir-143 Sto-Mir-143 Tgu-Mir-143 Xtr-Mir-143 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030728.1: 33609524-33609578 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-143-P1) |
Mir-145-P1
NC_030728.1: 33608579-33608638 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-143-P1 NC_030728.1: 33609524-33609578 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACCAGACGCACCCACUGUCUCCCAGCCCAAGGUGCAGUGCUGCAUCUCUGGUCAAUUGUGAGUCUGAGAUGAAGCACUGUAGCUCGGGAAGGGGGAAACAUGCGGCCACCCAGGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 ACCAGACGCACCCACUG--| AG A G G UGGUCAAU UCUCCC CCC AG UGCAGUGCU CAUCUC \ AGGGGG GGG UC AUGUCACGA GUAGAG U AGGACCCACCGGCGUACAA^ AA C G A UCUGAGUG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xla-Mir-143-P1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0046456 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGUGCAGUGCUGCAUCUCUGGUC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Xla-Mir-143-P1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0046457 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- UGAGAUGAAGCACUGUAGCUC -55
Get sequence
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