| MirGeneDB ID | Xla-Mir-1-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-1 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGAAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-1-P1a Xla-Mir-1-P1b Xla-Mir-1-P2c Xla-Mir-1-P2d Xla-Mir-1-P3b Xla-Mir-1-P4a Xla-Mir-1-P4b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-1 Aca-Mir-1-P3 Ami-Mir-1-P3 Asu-Mir-1 Bfl-Mir-1 Bge-Mir-1 Bla-Mir-1 Bta-Mir-1-P3 Cbr-Mir-1 Cel-Mir-1 Cfa-Mir-1-P3 Cgi-Mir-1 Cin-Mir-1 Cli-Mir-1-P3 Cmi-Mir-1-P3 Cpi-Mir-1-P3 Cpo-Mir-1-P3 Cte-Mir-1 Dan-Mir-1 Dma-Mir-1 Dme-Mir-1 Dmo-Mir-1 Dno-Mir-1-P3 Dpu-Mir-1 Dre-Mir-1-P3 Dsi-Mir-1 Dya-Mir-1 Esc-Mir-1 Ete-Mir-1-P3 Gga-Mir-1-P3 Gja-Mir-1-P3 Gmo-Mir-1-P3 Hme-Mir-1 Hsa-Mir-1-P3 Isc-Mir-1 Lan-Mir-1 Lch-Mir-1-P3 Lgi-Mir-1 Loc-Mir-1-P3 Mal-Mir-1-P3 Mdo-Mir-1-P3 Mml-Mir-1-P3 Mmu-Mir-1-P3 Mun-Mir-1-P3 Oan-Mir-1-P3 Obi-Mir-1 Ocu-Mir-1-P3 Ovu-Mir-1 Pbv-Mir-1-P3 Pfl-Mir-1 Pma-Mir-1-o3 Pmi-Mir-1 Rno-Mir-1-P3 Sha-Mir-1-P3 Sko-Mir-1 Spt-Mir-1-P3 Spu-Mir-1 Sto-Mir-1-P3 Tca-Mir-1 Tgu-Mir-1-P3 Tni-Mir-1-P3 Xbo-Mir-1 Xtr-Mir-1-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030740.1: 14437497-14437558 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUGGACCCGGACUGUCACCCUGUUUGGGAGACAUACUUCUUUAUAUGUCCAUAUGAAAGUGCCAAUGCUAUGGAAUGUAAAGAAGUAUGUAUCUCCGAUAGGGUUUGCUGCAAAGUCACUAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUGGACCCGGACUGUCA--| U G G UGAAAGU CCCUGUU GGGA ACAUACUUCUUUAUAU UCCAUA \ GGGAUAG CUCU UGUAUGAAGAAAUGUA AGGUAU G UAUCACUGAAACGUCGUUU^ C A - CGUAACC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Xla-Mir-1-P3a_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACAUACUUCUUUAUAUGUCCAUA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Xla-Mir-1-P3a_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UGGAAUGUAAAGAAGUAUGUAU -62
Get sequence
|
