| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-488 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-488 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGAAAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-488 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-488 Cfa-Mir-488 Dno-Mir-488 Ete-Mir-488 Hsa-Mir-488 Mml-Mir-488 Ocu-Mir-488 Rno-Mir-488 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr1: 158505651-158505709 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGAGUUCGGGUGAGAGUGAGAAUCCUCUCUCCCAGAUAAUAGCACUCUCAAACAAGUUUCCAUGUUGUUUGAAAGGCUGUUUCUUGGUCAGAAGACUCUCAAUUUCUUCUGGAAGACUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AGAGUUCGGGUGAGAGU--| A C CU C U A C AAGUUU GAGA UC UCU CC AGA AAUAGC CU UCAAAC \ CUCU AG AGA GG UCU UUGUCG GA AGUUUG C CUCAGAAGGUCUUCUUUAA^ C A CU U - - A UUGUAC 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mmu-Mir-488_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0003449 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGAUAAUAGCACUCUCAAAC -23
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0003449 TargetScanVert: mmu-miR-488-5p miRDB: MIMAT0003449 |
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| Mature sequence | Mmu-Mir-488_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0003450 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UUGAAAGGCUGUUUCUUGGUC -59
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0003450 TargetScanVert: mmu-miR-488-3p miRDB: MIMAT0003450 |
