| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-345 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-345 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CUGAACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-345 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-345 Cfa-Mir-345 Cpo-Mir-345 Dno-Mir-345 Ete-Mir-345 Hsa-Mir-345 Mml-Mir-345 Rno-Mir-345 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr12: 108836988-108837047 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUUCGUGAAGCCGACACCCAAGUCCAGGCCUGCUGACCCCUAGUCCAGUGCUUGUGGUGGCUACUGGGCCCUGAACUAGGGGUCUGGAGACCUGGGUUUGAUCUCCACAGGCUUUGAGUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CUUCGUGAAGCCGACACC--| GU C G - C U UGUGGU CAA CCAGG CU CU GACCCCUAGU CAG GCU G GUU GGUCC GA GG CUGGGGAUCA GUC CGG G CUGAGUUUCGGACACCUCUA^ UG A - U A C GUCAUC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | The murid rodents have shifted both the Drosha and Dicer cut -1 relative to the other mammals. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mmu-Mir-345_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0000595 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCUGACCCCUAGUCCAGUGCU -22
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000595 miRDB: MIMAT0000595 |
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| Mature sequence | Mmu-Mir-345_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0004656 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CCUGAACUAGGGGUCUGGAGA -60
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004656 miRDB: MIMAT0004656 |
