| MirGeneDB ID | Mdo-Mir-430-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAGUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mdo-mir-302b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mdo-Mir-430-P2 Mdo-Mir-430-P3 Mdo-Mir-430-P4 Mdo-Mir-430-P51 Mdo-Mir-430-P52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-430-P1 Ami-Mir-430-P1 Bta-Mir-430-P1 Cfa-Mir-430-P1 Cli-Mir-430-P1 Cmi-Mir-430-P1 Cpi-Mir-430-P1 Cpo-Mir-430-P1 Dno-Mir-430-P1 Dre-Mir-430-o1a Dre-Mir-430-o1b1 Dre-Mir-430-o1b2 Dre-Mir-430-o1b3 Dre-Mir-430-o1b4 Dre-Mir-430-o1b5 Dre-Mir-430-o1b6 Dre-Mir-430-o1b7 Dre-Mir-430-o1b8 Dre-Mir-430-o1c Dre-Mir-430-o1d1 Dre-Mir-430-o1d2 Dre-Mir-430-o1d3 Dre-Mir-430-o1d4 Dre-Mir-430-o1d5 Dre-Mir-430-o1d6 Dre-Mir-430-o1d7 Dre-Mir-430-o1e1 Dre-Mir-430-o1e2 Dre-Mir-430-o1e3 Ete-Mir-430-P1 Gga-Mir-430-P1 Hsa-Mir-430-P1 Mml-Mir-430-P1 Mmu-Mir-430-P1 Mun-Mir-430-P1 Oan-Mir-430-P1 Ocu-Mir-430-P1 Rno-Mir-430-P1 Sha-Mir-430-P1 Spt-Mir-430-P1 Sto-Mir-430-P1 Tgu-Mir-430-P1 Xla-Mir-430-P1a Xla-Mir-430-P1b Xtr-Mir-430-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
5: 66075012-66075070 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-P1) |
Mir-92-P2a
5: 66074340-66074399 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-430-P4 5: 66074491-66074551 [-] UCSC Ensembl Mir-430-P3 5: 66074652-66074712 [-] UCSC Ensembl Mir-430-P2 5: 66074864-66074922 [-] UCSC Ensembl Mir-430-P1 5: 66075012-66075070 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCCCCAAUGGGAACUAAUGGGACCCCUUCUACUUUAACAUGGAGGUACUUUCUGUGUUUAAAAAGGUAAGUGCUUCCAUGUUUUGGUAGGAGUGAAUCCUGCUCUCCUUCACUGAAUUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UCCCCAAUGGGAACUAAU- CCC- UU -| GUGU GGGA CUUCUACU AACAUGGAGGUACUU UCU U UCCU GAGGAUGG UUGUACCUUCGUGAA GGA U AUUAAGUCACUUCCUCUCG AAGU UU U^ AAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Mdo-Mir-430-P1_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUUUAACAUGGAGGUACUUUCU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mdo-Mir-430-P1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0004180 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UAAGUGCUUCCAUGUUUUGGUAG -59
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-302b |
