| MirGeneDB ID | Mal-Mir-489-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-489 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GACAUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Asian swamp eel (Monopterus albus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mal-Mir-489-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-489-v2 Ami-Mir-489-v2 Bta-Mir-489-v2 Cfa-Mir-489 Cli-Mir-489-v2 Cpi-Mir-489-v2 Dno-Mir-489 Dre-Mir-489-v2 Gga-Mir-489-v2 Gja-Mir-489 Gmo-Mir-489-v2 Hsa-Mir-489-v2 Lch-Mir-489 Loc-Mir-489-v2 Mml-Mir-489-v2 Mmu-Mir-489 Mun-Mir-489 Ocu-Mir-489 Pbv-Mir-489 Rno-Mir-489 Sha-Mir-489 Spt-Mir-489 Tgu-Mir-489-v2 Tni-Mir-489-v2 Xtr-Mir-489-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_001952655.1_M_albus_1.0_genomic) |
KV884831.1: 258105-258165 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCUCAUCUGUUGAUAUUGGUGGUGGCCUGGUGGUCGUAUGUAUGACGUCAUUUACUUCAAUGUUUGGAGUGACAUCAUAUGUACGGCUGCUAAACUGCUACAUGGGACAUCAGCAUGUUUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GCUCAUCUGUUGAUAUUG--| UG CC UG C UACUUCA GUGG G UGG GUCGUAUGUAUGA GUCAUU \ CAUC C AUC CGGCAUGUAUACU CAGUGA A UUUUGUACGACUACAGGGUA^ GU AA GU A GGUUUGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mal-Mir-489-v2_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGUCGUAUGUAUGACGUCAUU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Mal-Mir-489-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UGACAUCAUAUGUACGGCUGCU -61
Get sequence
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