| MirGeneDB ID | Lgi-Mir-2-o17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Owl limpet (Lottia gigantea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Lgi-Mir-2-o14 Lgi-Mir-2-o15 Lgi-Mir-2-o16 Lgi-Mir-2-o18 Lgi-Mir-2-o19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | L. gigantea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Lotgi1) |
LOTGIsca_2: 4514963-4515021 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-o17) |
Mir-71
LOTGIsca_2: 4515804-4515862 [-]
Ensembl
Mir-2-o14 LOTGIsca_2: 4520084-4520140 [+] Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGUACAGUACAGUAAUUUGCUGCCCUGCUCUGACCAAGUGGCUGAGAUCAGUUAAAGUUAAUAUCUUAUCACAGCCUGCUUGGAUCAGCGUAUUGUGGCAUAUGUUCAUCAAACUAGGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AGUACAGUACAGUAAUU-- UG CC U - -| A C UUAAAG UGC C UGC CUGA CCAAGU GGCUG GAU AG \ ACG G AUG GACU GGUUCG CCGAC CUA UC U AGGAUCAAACUACUUGUAU GU UU C A U^ A U UAUAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-2 genes were present in the last common ancestor of protostomes and how the multiple paralogues in lophotrochozoans relate to the four Mir-2 genes in arthropods. Thus all lophotrochozoan genes are classified as orphans pending further data and analysis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Lgi-Mir-2-o17_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGACCAAGUGGCUGAGAUCAG -21
Get sequence
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| Mature sequence | Lgi-Mir-2-o17_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UAUCACAGCCUGCUUGGAUCAGC -59
Get sequence
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