| MirGeneDB ID | Gmo-Mir-7-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGAAGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gmo-mir-7b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gmo-Mir-7-P1a Gmo-Mir-7-P2a Gmo-Mir-7-P3 Gmo-Mir-7-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-7 Aca-Mir-7-P1 Ami-Mir-7-P1 Asu-Mir-7 Bfl-Mir-7 Bge-Mir-7 Bla-Mir-7 Bta-Mir-7-P1 Cfa-Mir-7-P1 Cgi-Mir-7 Cin-Mir-7 Cli-Mir-7-P1 Cmi-Mir-7-P1 Cpi-Mir-7-P1 Cpo-Mir-7-P1 Cte-Mir-7 Dan-Mir-7 Dma-Mir-7 Dme-Mir-7 Dmo-Mir-7 Dno-Mir-7-P1 Dre-Mir-7-P1b Dsi-Mir-7 Dya-Mir-7 Esc-Mir-7 Ete-Mir-7-P1 Gga-Mir-7-P1 Gja-Mir-7-P1 Hme-Mir-7 Hsa-Mir-7-P1 Isc-Mir-7 Lan-Mir-7 Lch-Mir-7-P1 Lgi-Mir-7 Loc-Mir-7-P1 Lpo-Mir-7 Mdo-Mir-7-P1 Mml-Mir-7-P1 Mmu-Mir-7-P1 Npo-Mir-7 Oan-Mir-7-P1 Obi-Mir-7 Ocu-Mir-7-P1 Ovu-Mir-7 Pbv-Mir-7-P1 Pfl-Mir-7 Pma-Mir-7-o1 Pmi-Mir-7 Rno-Mir-7-P1 Sha-Mir-7-P1 Sko-Mir-7 Spt-Mir-7-P1 Spu-Mir-7 Sto-Mir-7-P1 Tca-Mir-7 Tgu-Mir-7-P1 Xbo-Mir-7 Xtr-Mir-7-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_3319: 52966-53029 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-7-P1b) |
Mir-9-P1b
GeneScaffold_3319: 19161-19222 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-7-P1b GeneScaffold_3319: 52966-53029 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCGUGGCCUCACAACACGUUUUGGAUGCUGUGGAAGACAAGUGAUUUUGUUGUUGUAACCAUGACAACCAGACAACAAGUCCCAGUCUCCCUCAUCAUUCAACACUCUCACUUCUGCUCUUCUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCGUGGCCUCACAACAC--| U C U A AAGU U UGUAACCA GU UUGGAUG UG GG AGAC GAUUU GUUGU U CA AACUUAC AC CC UCUG CUGAA CAACA G GUCUUCUCGUCUUCACUCU^ C U U C ACC- - GACCAACA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Gmo-Mir-7-P1b_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0044219 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGAAGACAAGUGAUUUUGUUGU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Gmo-Mir-7-P1b_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- CAACAAGUCCCAGUCUCCCUCA -64
Get sequence
|
