| MirGeneDB ID | Gmo-Mir-194-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-194 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GUAACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gmo-mir-194a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gmo-Mir-194-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-194-P2 Ami-Mir-194-P2 Bta-Mir-194-P2 Cfa-Mir-194-P2 Cpi-Mir-194-P2 Cpo-Mir-194-P2 Dno-Mir-194-P2 Dre-Mir-194-P2b Ete-Mir-194-P2 Gja-Mir-194-P2 Hsa-Mir-194-P2 Lch-Mir-194-P2 Loc-Mir-194-P2 Mal-Mir-194-P2b Mml-Mir-194-P2 Mmu-Mir-194-P2 Mun-Mir-194-P2 Oan-Mir-194-P2 Ocu-Mir-194-P2 Pbv-Mir-194-P2 Rno-Mir-194-P2 Sha-Mir-194-P2 Spt-Mir-194-P2 Sto-Mir-194-P2 Tni-Mir-194-P2b Xtr-Mir-194-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_4270: 35898-35952 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-194-P2b) |
Mir-192-P2b
GeneScaffold_4270: 35460-35519 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-194-P2b GeneScaffold_4270: 35898-35952 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGGGGGUUGAGGCCCAUGGCGCUCACUGCCUGUAACAGCAACUCCAUGUGGAAGCUCCUCCUUCCAGUGGAAGUGCUGCUACCUGCAGGGGGCGCCGCACUCACCUGGGGGCCCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GGGGGGUUGAGGCCCAU--| A CU A AC G GCU GGCGCUC CUGC GUA CAGCA UCCAU UGGAA C CCGCGGG GACG CAU GUCGU AGGUG ACCUU C CCCCGGGGGUCCACUCACG^ G UC C GA - CCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Gmo-Mir-194-P2b_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0044278 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUAACAGCAACUCCAUGUGGAA -23
Get sequence
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| Star sequence | Gmo-Mir-194-P2b_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
33- CCAGUGGAAGUGCUGCUACCUG -55
Get sequence
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